Το Επιμελητήριο Θεσπρωτίας είναι ανάμεσα στα 22 Επιμελητήρια που έχουν εκκινήσει τις διαδικασίες σύστασης Αγροτικού Τμήματος και διαχείρισης Ηλεκτρονικού Μητρώου Αγροτών μετά και το μετά και από το ψηφισθέν νομοσχέδιο του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων.
Στα αγροτικό τμήμα του Επιμελητήριου Θεσπρωτίας θα εγγράφονται όσοι ασχολούμενοι με τον πρωτογενή τομέα ασκούν εμπορική δραστηριότητα (δηλαδή όσοι είναι ήδη και θα ενταχθούν στο μέλλον στο ΓΕΜΗ)» αξιοποιώντας τις δομές, την τεχνογνωσία, την εμπειρία και το πλαίσιο λειτουργίας του Επιμελητήριου Θεσπρωτίας
Στη χώρα μας πριν τη θεσμοθέτηση του νέου πλαισίου λειτουργούσαν ήδη Αγροτικά Τμήματα στα Επιμελητήρια Σερρών, Τρικάλων, Λάρισας, Καρδίτσας, Δράμας και Μαγνησίας. Σε αυτά έρχονται να προστεθούν, σύμφωνα με τα μέχρι τώρα στοιχεία, ακόμη 45 Επιμελητήρια, τα οποία εμφανίζονται θετικά ως προς τη σύσταση Αγροτικών Τμημάτων. Από αυτά, τα 22 έχουν εκκινήσει τις διαδικασίες σύστασης (π.χ. με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου), ενώ τα υπόλοιπα 23 είναι θετικά ως προς τη σύσταση αγροτικών τμημάτων, αλλά δεν έχουν ξεκινήσει ακόμα τις διαδικασίες.