Όπως είναι γνωστό, το Σούλι υποτάχτηκε στον Αλή Πασά στις 12 Δεκεμβρίου του 1803 (παλαιό ημερολόγιο) ύστερα από συμφωνία. Αργότερα την ίδια μέρα (κατά τις περισσότερες πηγές) συντελέστηκε η ηρωική θυσία του καλόγερου Σαμουήλ στο Κούγκι. Ακολούθησαν τα τραγικά γεγονότα στο Ζάλογγο (16-Δεκεμβρίου-1803), η σφαγή και ένα «δεύτερο Ζάλογγο» πολλών Σουλιωτών, ανδρών και γυναικών, στη μονή Σέλτσου και στα θολά νερά του Αχελώου στα Άγραφα, στις 23 Απριλίου 1804.
Και κάτι ακόμη που δεν είναι ιδιαίτερα γνωστό: στις αρχές του του 1804 ο Αλής, ερήμωσε και το Σουλιωτοχώρι «Γλαβίτσα» (Αυλότοπος σήμερα), σε αντίποινα για τη μεγάλη προσφορά του στους πολέμους εναντίον του. Αιχμαλώτισε «εβδομήντα άντρες και πολλά γυναικόπαιδα» -δηλαδή σχεδόν όλους τους κατοίκους, πλην των γερόντων- τους οδήγησε στα Γιάννενα και στη συνέχεια (εκτός από λίγες νέες κοπέλες που προόρισε για τα χαρέμια του) στα χτήματά του στην Κλεισούρα της Αλβανίας και στο κάστρο της Πρεμετής. Εκεί δούλευαν υπό τις πλέον απάνθρωπες συνθήκες μέχρι τον τελικό αφανισμό τους. Ήταν κι αυτό ένα από τα περίφημα «Τάγματα Εργασίας» της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας.
Αφού λοιπόν το Σούλι υποδουλώθηκε, οι Σουλιώτες εξορίστηκαν ανά την Ελλάδα (κυρίως στα Επτάνησα) και έμεναν με τον πόθο της επιστροφής στην αγαπημένη τους Πατρίδα.
Στο μεταξύ, στου Σουλιού την «ολόμαυρη ράχη», όπου πια «περπατούσε η δόξα μονάχη», ο Αλή Πασάς, μέσα στην παραζάλη και τον άκρατο εγωισμό της νίκης, ξεκίνησε το επόμενο σχέδιο. «Να μην καπνίσει ποτέ πια η καμινάδα στο Τζαβελαίικο», όπως έλεγε ο ίδιος. Δηλαδή, να μην ξαναγυρίσουν ποτέ πίσω οι Σουλιώτες. Είχε την αίσθηση πως θα είναι για πάντα ο Μεγάλος Βεζίρης. Ακόμη και ο νέος Σουλτάνος! Παρότι έξυπνος άνθρωπος και αρκετά ηλικιωμένος (ήταν τότε 65 ετών) δεν έλαβε υπόψη του αυτό που οι σοφοί Αρχαίοι Έλληνες είχαν διδάξει πως «άλλαι αι βουλαί των ανθρώπων και άλλα ο Θεός κελεύει».
Για το σκοπό αυτό, στις αρχές του 1805, έφερε και εγκατέστησε 200 μουσουλμανικές κτηνοτροφικές οικογένειες, μαζί με τα κοπάδια τους, από την ορεινή Λιαπουριά της Αλβανίας (στα νότια της Αυλώνας της Βορείου Ηπείρου). Τους λεγόμενους Ζουλακιώτες. Ταυτόχρονα άρχισε την κατασκευή ενός νέου και τρανού Κάστρου επάνω στη θέση του πολύ μικρότερου και κατεστραμμένου των Σουλιωτών στον λόφο της Κιάφας και στα πρότυπα του μεγαλοπρεπούς Κάστρου των Ιωαννίνων. Προς τούτο έφερε ειδικούς αρχιτέκτονες και πλήθος μαστόρων και εργατών. Μέσα στο κάστρο έχτισε τζαμί, κατοικίες, αποθήκες, ζεματίστρες, κελιά, πηγάδια καθώς και μια πολυτελή καλοκαιρινή κατοικία για την αφεντιά του. Μάλιστα, όπως αναφέρουν γραπτές πηγές, ο ίδιος είχε διαμείνει εκεί τουλάχιστον δύο φορές. Ακόμη η εκκλησία του Αγίου Δονάτου μετατράπηκε σε τζαμί και χτίστηκε μιναρές. Πράγμα που σημαίνει πως από τις πρώτες φροντίδες του ήταν να ικανοποιήσει τις θρησκευτικές ανάγκες των νέων κατοίκων.
Σχετικά με τις κατοικίες των Ζουλακιωτών Λιάπηδων δεν υπάρχουν σαφείς γραπτές αναφορές. Όμως είναι προφανές και λογικό πως κατοίκησαν τα πιο στέρεα και πιο ευρύχωρα σπίτια των Σουλιωτών του Τετραχωρίου (Σούλι, Κιάφα, Σαμονίβα Αβαρίκος). Εξάλλου είναι γνωστό πως οι μουσουλμανικές οικογένειες ήταν κατά κανόνα πολυμελείς, όπως και σήμερα. Αυτό επιτάσσει και το Κοράνι.
Για την κατάσταση που επικρατούσε στο Σούλι τα χρόνια εκείνα διαθέτουμε μια σημαντική ιστορική πηγή και αυθεντική μαρτυρία. Είναι τα «Απομνημονεύματα του Γέροντος Σουλιώτου Αγωνιστού εικοσιένα», όπως τα κατέγραψε ο Κερκυραίος λόγιος (Ιω.) Δούσμανης και τα διέσωσε ο Γιάννης Βλαχογιάνννης στα Ιστορικά του Αρχεία. Πρόκειται για τον Σπύρο Τζίπη, με καταγωγή από το Τσαγγάρι, ο οποίος γεννήθηκε στο Κούγκι τα χρόνια της πολιορκίας του (1800 – 1803) από το γιο του Αλή Βελή Πασά. Γράφει λοιπόν ο Γέρο Τζίπης: «Ήμουν 15 χρόνων όταν από τους Κορφούς (Κέρκυρα) επήγαμε στο Σούλι. Ευρήκαμε τότε το Σούλι μας, το χωριό, γκρεμισμένο, ερείπια, καθώς και τα καλύτερα χωριά, όλα γκρεμισμένα, την Σαμονίβα, την Κιάφα, το Ναβαρίκο. Το Σούλι…ο Αλή Πασιάς το έκαμε κάστρο για να εμποδίσει τους Σουλιώτας να ματαπάρουν την πατρίδα και να ματακάνουν πάλι εκείνα που είχαν κάμει εναντίον στους εχθρούς των. Μονάχα στη Γλαβίτσα (σημ. Αυλότοπος) μάς άφηναν τόπους να κατοικήσωμε, να δουλεύσωμε για να ζήσωμε μεις και όλες οι φαμιλιές. Αλλά πώς εζούσαμεν… Θεός φυλάξοι!…»
Τούτο σημαίνει πως τα σπίτια των Σουλιωτών στο Τετραχώρι καταστράφηκαν είτε από τον Τουρκαλβανικό στρατό (το πιθανότερο) είτε από φανατισμένους Λιάπηδες. Και φυσικά, πριν καταστραφούν, λεηλατήθηκαν.
Σχετικά με την αναφορά του Γέρο Τζίπη στη «Γλαβίτσα», τούτο, σε μεγάλο βαθμό, δικαιολογείται γιατί το χωριό είχε ερημωθεί ήδη από το 1804, όπως προαναφέρθηκε, και άρα υπήρχε η δυνατότητα κατοίκησης. Το γεγονός αυτό της ερήμωσης του χωριού της Γλαβίτσας καταγράφεται από τον αείμνηστο Αυλοτοπίτη ευπατρίδη συγγραφέα Ελευθέριο Χ. Διαμάντη, ο οποίος στηρίχτηκε σε γραπτές πηγές του Leake (Άγγλος περιηγητής), του Πουκιεβίλ (Γάλλος πρόξενος στα Γιάννενα και περιηγητής) και του John Philip Morier (γενικός πρόξενος της Μεγάλης Βρετανίας στη Θεσσαλονίκη).
Στα 1820 ο Αλή Πασάς, καθώς κηρύχτηκε «φιρμανλής» (προδότης) από τον Σουλτάνο και πολιορκήθηκε από τον αρχιστράτηγο Χουρσίτ Πασά, ζήτησε τη βοήθεια των Σουλιωτών. Εκείνοι δέχτηκαν με το όρο να επιστρέψουν στα αγαπημένα τους χώματα. Και πράγματι, στις 12 Δεκεμβρίου του 1820 επέστρεψαν από την Κέρκυρα χίλιοι περίπου (πολεμιστές κατά κύριο λόγο με τις οικογένειές τους) υπό τους Νότη και Μάρκο Μπότσαρη. Οι Σουλιώτες, αφού σε τέσσερις μέρες έδιωξαν τους Ζουλακιώτες, κατέλαβαν το καινούριο Κάστρο της Κιάφας. Από την ώρα εκείνη όλο και πιο πολλοί κάτοικοι επέστρεφαν στο Σούλι και στα χωριά με τη χαρά και την ελπίδα πως δεν θα ξαναφύγουν ποτέ. Μαζί τους ήταν βέβαια και ιερείς για τις θρησκευτικές τους ανάγκες. Σχετικά με τη διαμονή τους, αρκετοί έμεναν στις υποδομές του κάστρου, άλλοι στα σπίτια που δεν είχαν υποστεί πολλές ζημιές και άλλοι σε καλύβες που έφτιαξαν τότε. Στο μεταξύ από τις πρώτες τους πράξεις ήταν να γκρεμίσουν το τζαμί στο Κάστρο καθώς και τον μιναρέ στον Άγιο Δονάτο.
Στις 24 Ιανουαρίου του 1822 ο Αλής δολοφονείται και κύριος της κατάστασης καθίσταται ο Χουρσίτ, ο οποίος προτείνει στους Σουλιώτες πολέμαρχους συμφωνία ειρήνης. Αυτοί όμως την απορρίπτουν. Μαζί τους και οι πολέμαρχοι των έντεκα χωριών της ομοσπονδίας, και των τεσσάρων Σκαπετοχωριών (Κορύστιανη, Τσαγγάρι, Κουκουλιοί, Γλαβίτσα). Έτσι αρχίζουν ξανά σκληρές και πολυαίμακτες μάχες. Τώρα στους υπάρχοντες Σουλιώτες μαχητές προστίθενται και πολλά παλικάρια από τα γύρω Σουλιωτοχωριά. Ώστε ο συνολικός αριθμός τους ανέρχεται πάνω από 2000. Στις 15-16 Μαΐου του 1822 τα Οθωμανικά στρατεύματα (22.000 περίπου) έζωσαν το λεκανοπέδιο του Σουλίου από τρεις πλευρές, κλείνοντας όλες τις διαβάσεις και προχωρώντας προς το Τετραχώρι. Προς βορρά από το Σέλωμα του Ποπόβου, ανατολικά από την κορυφογραμμή της Μούργκας και δυτικά-βορειοδυτικά από το Ζαβρούχο. Μπροστά στον μεγάλο κίνδυνο που διαγράφεται, οι Σουλιώτες οπλαρχηγοί (Τζαβελαίοι, Μποτσαραίοι, Δρακαίοι κλπ) καλούν τον πληθυσμό των γύρω χωριών, «τους χωριάτες», με όλα τους τα υπάρχοντα, να συγκεντρωθεί στο Σούλι.
Βρισκόμαστε πια στο καλοκαίρι του 1822. Σύμφωνα με ιστορικές μαρτυρίες ο πληθυσμός τώρα στο Τετραχώρι φτάνει στις 15.000. Πολλοί από αυτούς διαμένουν σε παλιά κι ερειπωμένα σπίτια, σε καλύβες, σε σκηνές ή έξω στη φύση με τα ζωντανά τους, ενώ μαίνονται οι μάχες πέριξ του Τετραχωριού. Μπροστά στην οδυνηρή κατάσταση που διαμορφώνεται τα γυναικόπαιδα κλείνονται στο Κάστρο της Κιάφας. Όμως για λίγο ακόμα. Ο Αύγουστος του 1822 είναι σκληρός κι ανελέητος. Οι Σουλιώτες, μπροστά στον παντελή τους όλεθρο, λόγω της έλλειψης τροφίμων (κυρίως νερού), του λοιμού και της αδυναμίας βοήθειας από τους άλλους Έλληνες επαναστάτες, αναγκάζονται να κλείσουν συμφωνία. Τούτη φορά αναχωρούν για πάντα από το Σούλι. Επιβιβάζονται σε Αγγλικά καράβια στη Σπλάτζα (σημερινή Αμμουδιά Πρέβεζας) και οδηγούνται στην Κεφαλονιά. Οι τελευταίοι πολεμιστές παραδίδουν το Κάστρο της Κιάφας στις 2 Σεπτεμβρίου 1822.
Στη συνέχεια οι Σουλιώτες διασκορπίζονται σε όλη σχεδόν την Ελλάδα αγωνιώντας και πασχίζοντας να βρουν άλλη γη να κατοικήσουν, ενώ οι πολέμαρχοι με τα παλικάρια τους παίρνουν μέρος στον απελευθερωτικό Αγώνα του -21 και πολλοί, πάρα πολλοί, θυσιάζονται. (Μάρκος Μπότσαρης).
Από τότε το Τετραχώρι και τα τέσσερα Σουλιωτοχώρια – Σκαπετοχώρια περιέρχονται στη δικαιοδοσία του μουσουλμάνου Αγά της Παραμυθιάς και κατοικούνται ξανά με αργούς ρυθμούς. Όχι βέβαια από μουσουλμάνους, αλλά από Έλληνες Χριστιανούς κτηνοτρόφους, που για διάφορους λόγους, κυρίως για ασφάλεια, καταφεύγουν στον ορεινό και δυσπρόσιτο αυτό ηρωικό τόπο. Υπάρχουν μάλιστα προφορικές μαρτυρίες πως ακόμη και από την Καρδίτσα κατοίκησαν εκεί για λόγους βεντέτας. Τέτοιο παράδειγμα είναι το επώνυμο «Τσιρώνης» στον σημερινό Αυλότοπο.
Η στιγμή της απελευθέρωσης του Σουλίου από το Μουσουλμανικό Ζυγό ήρθε μαζί με αυτήν της Παραμυθιάς στο δεύτερο Βαλκανικό πόλεμο και συγκεκριμένα στις 23 Φεβρουαρίου 1913.
